Nội dung quy định tại chương 3 này về Thủ tục thực hiện ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp được hướng dẫn bởi Mục V Phần H Thông tư 130/2008/TT-BTC ngày 26 tháng 12 năm 2008:

“Phần H ƯU ĐÃI THUẾ THU NHẬP DOANH NGHIỆP
...
V. THỦ TỤC THỰC HIỆN ƯU ĐÃI THUẾ THU NHẬP DOANH NGHIỆP

Doanh nghiệp tự xác định các điều kiện ưu đãi thuế, mức thuế suất ưu đãi, thời gian miễn thuế, giảm thuế, số lỗ được trừ (-) vào thu nhập tính thuế để tự kê khai và tự quyết toán thuế với cơ quan thuế.

Cơ quan thuế khi kiểm tra, thanh tra đối với doanh nghiệp phải kiểm tra các điều kiện được hưởng ưu đãi thuế, số thuế thu nhập doanh nghiệp được miễn thuế, giảm thuế, số lỗ được trừ vào thu nhập chịu thuế theo đúng điều kiện thực tế mà doanh nghiệp đáp ứng được. Trường hợp doanh nghiệp không đảm bảo các điều kiện để áp dụng thuế suất ưu đãi và thời gian miễn thuế, giảm thuế thì cơ quan thuế xử lý truy thu thuế và xử phạt vi phạm hành chính về thuế theo quy định.”

Nội dung quy định tại chương 3 này được hướng dẫn bởi Điều 22 Thông tư 123/2012/TT-BTC ngày 27 tháng 07 năm 2012:

“Điều 22. Thủ tục thực hiện ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp

Doanh nghiệp tự xác định các điều kiện ưu đãi thuế, mức thuế suất ưu đãi, thời gian miễn thuế, giảm thuế, số lỗ được trừ (-) vào thu nhập tính thuế để tự kê khai và tự quyết toán thuế với cơ quan thuế.

Cơ quan thuế khi kiểm tra, thanh tra đối với doanh nghiệp phải kiểm tra các điều kiện được hưởng ưu đãi thuế, số thuế thu nhập doanh nghiệp được miễn thuế, giảm thuế, số lỗ được trừ vào thu nhập chịu thuế theo đúng điều kiện thực tế mà doanh nghiệp đáp ứng được. Trường hợp doanh nghiệp không đảm bảo các điều kiện để áp dụng thuế suất ưu đãi và thời gian miễn thuế, giảm thuế thì cơ quan thuế xử lý truy thu thuế và xử phạt vi phạm hành chính về thuế theo quy định.”