Điều 20. Hiệu lực thi hành

1. Nghị định này có hiệu lực thi hành từ ngày 01 tháng 01 năm 2009.

2. Doanh nghiệp đang hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định của Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số 09/2003/QH11, Luật Dầu khí và các văn bản pháp luật của Chính phủ ban hành trước ngày Nghị định này có hiệu lực thi hành thì tiếp tục được hưởng các ưu đãi theo quy định của Luật thuế thu nhập doanh nghiệp số 09/2003/QH11, Luật Dầu khí và các văn bản pháp luật của Chính phủ đã ban hành cho thời gian còn lại; trường hợp mức ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp (bao gồm mức thuế suất ưu đãi và thời gian miễn, giảm thuế) thấp hơn mức ưu đãi quy định của Nghị định này thì doanh nghiệp được áp dụng ưu đãi thuế theo quy định của Nghị định này cho thời gian còn lại.

Việc xác định thời gian còn lại để hưởng ưu đãi thuế được tính liên tục kể từ khi thực hiện quy định về ưu đãi thuế tại các văn bản pháp luật về đầu tư nước ngoài tại Việt Nam, về khuyến khích đầu tư trong nước và về thuế thu nhập doanh nghiệp ban hành trước ngày Nghị định này có hiệu lực thi hành.

Cơ sở kinh doanh đã được cấp Giấy phép đầu tư, Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh, Giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư trước ngày nước Cộng hoà xã hội chủ nghĩa Việt Nam chính thức trở thành thành viên của Tổ chức Thương mại thế giới (ngày 11 tháng 01 năm 2007) mà có thu nhập từ hoạt động xuất khẩu hàng hoá (trừ xuất khẩu hàng dệt may) và đang trong thời gian được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp do đáp ứng điều kiện về tỷ lệ xuất khẩu theo quy định tại các văn bản pháp luật về đầu tư nước ngoài tại Việt Nam, về khuyến khích đầu tư trong nước và thuế thu nhập doanh nghiệp thì được tiếp tục hưởng ưu đãi thuế theo quy định tại các văn bản pháp luật này đến hết năm 2011.

3. Doanh nghiệp có hoạt động trong lĩnh vực xã hội hoá trước ngày Nghị định này có hiệu lực thi hành mà đang áp dụng mức thuế suất cao hơn mức 10% thì được chuyển sang áp dụng mức thuế suất 10% kể từ ngày Nghị định này có hiệu lực thi hành.

4. Doanh nghiệp có dự án đầu tư mở rộng sản xuất đến ngày 31 tháng 12 năm 2008 đang đầu tư xây dựng dở dang, trong năm 2009 mới hoàn thành và đi vào sản xuất, kinh doanh thì được tiếp tục hưởng ưu đãi thuế về điều kiện đầu tư mở rộng quy định tại Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số 09/2003/QH11 và các văn bản pháp luật của Chính phủ ban hành trước ngày Nghị định này có hiệu lực thi hành.

5. Doanh nghiệp đang được hưởng thời gian miễn thuế, giảm thuế theo quy định của Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số 09/2003/QH11 và các văn bản pháp luật của Chính phủ ban hành trước ngày Nghị định này có hiệu lực thi hành, nhưng đến hết kỳ tính thuế 2008 nếu:

a) Chưa có doanh thu thì thời gian miễn thuế, giảm thuế được tính từ năm đầu tiên có thu nhập chịu thuế; trường hợp không có thu nhập chịu thuế trong 3 năm đầu kể từ năm đầu tiên có doanh thu thì thời gian miễn thuế, giảm thuế đuợc tính từ năm thứ tư;

b) Đã có doanh thu nhưng chưa đủ 3 năm, kể từ khi có doanh thu thì thời gian miễn thuế, giảm thuế được tính từ năm đầu tiên có thu nhập chịu thuế; trường hợp không có thu nhập chịu thuế trong 3 năm đầu kể từ năm đầu tiên có doanh thu thì thời gian miễn thuế, giảm thuế được tính từ năm thứ tư.

c) Đã có doanh thu từ 3 năm trở lên thì thời gian miễn thuế, giảm thuế được tính từ năm tính thuế 2009.

6. Doanh nghiệp thành lập từ việc chuyển đổi loại hình doanh nghiệp, chuyển đổi sở hữu, chia, tách, sáp nhập, hợp nhất có trách nhiệm thực hiện nghĩa vụ nộp thuế thu nhập doanh nghiệp (kể cả tiền phạt nếu có), đồng thời được kế thừa các ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp (kể cả các khoản lỗ chưa được kết chuyển) của doanh nghiệp trước khi chuyển đổi, chia, tách, sáp nhập, hợp nhất nếu tiếp tục đáp ứng các điều kiện ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp, điều kiện chuyển lỗ theo quy định của pháp luật.

7. Việc giải quyết những tồn tại về thuế, quyết toán thuế, miễn, giảm thuế trước ngày 01 tháng 01 năm 2009 được thực hiện theo quy định của các văn bản pháp luật về thuế thu nhập doanh nghiệp, pháp luật về đầu tư nước ngoài tại Việt Nam, pháp luật về khuyến khích đầu tư trong nước và các văn bản quy phạm pháp luật khác ban hành trước ngày Nghị định này có hiệu lực thi hành.

Điều 21. Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định này.

Các Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan ngang Bộ, Thủ trưởng cơ quan thuộc Chính phủ, Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương và các tổ chức, cá nhân liên quan chịu trách nhiệm thi hành Nghị định này./.

Chương 5 Nghị định 124/2008/NĐ-CP hướng dẫn khoản 3 Điều 7 này bị sửa đổi bổ sung, làm hết hiệu lực một phần bởi Khoản 2 Điều 1 Nghị định 122/2011/NĐ-CP  ngày 27 tháng 12 năm 2011:

"Điều 2. Điều khoản thi hành

...
2. Doanh nghiệp đang trong thời gian được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp do đáp ứng điều kiện ưu đãi về tỷ lệ xuất khẩu mà bị chấm dứt ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp kể từ ngày 01 tháng 01 năm 2012 do thực hiện cam kết WTO được lựa chọn để tiếp tục hưởng ưu đãi thuế cho thời gian ưu đãi còn lại tương ứng với các điều kiện thực tế doanh nghiệp đáp ứng ưu đãi đầu tư (ngoài điều kiện ưu đãi do đáp ứng điều kiện về tỷ lệ xuất khẩu, do sử dụng nguyên liệu trong nước) theo quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật về thuế thu nhập doanh nghiệp trong thời gian từ ngày doanh nghiệp được cấp giấy phép thành lập đến trước ngày Nghị định số 24/2007/NĐ-CP ngày 14 tháng 02 năm 2007 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp có hiệu lực thi hành hoặc theo quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật về thu nhập doanh nghiệp tại thời điểm bị điều chỉnh ưu đãi thuế do thực hiện cam kết WTO (hết ngày 31 tháng 12 năm 2011).

Doanh nghiệp có trách nhiệm thông báo với cơ quan Thuế việc lựa chọn hưởng ưu đãi thuế quy định tại khoản này.

..."

Nội dung quy định tại khoản 3 Điều 19 này được hướng dẫn bởi Khoản 2, 3 Điều 20 Nghị định 218/2013/NĐ-CP ngày 26 tháng 12 năm 2013:

"Điều 20. Hiệu lực thi hành

Khoản 2, khoản 3 Điều 20 Nghị định 218/2013/NĐ-CP hướng dẫn khoản 3  Điều 19 này bị sửa đổi bổ sung, làm hết hiệu lực một phần bởi Khoản 20 Điều 1 Nghị định 12/2015/NĐ-CP ngày 12 tháng 02 năm 2015:

"Điều 1. Sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 218/2013/NĐ-CP ngày 26 tháng 12 năm 2013 quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp, Điều 1 Nghị định số 91/2014/NĐ-CP ngày 01 tháng 10 năm 2014 sửa đổi, bổ sung một số điều tại các Nghị định quy định về thuế như sau:

1. Thông tư này có hiệu lực từ ngày 10 tháng 9 năm 2012 và áp dụng cho kỳ tính thuế thu nhập doanh nghiệp từ năm 2012 trở đi.

2. Doanh nghiệp đang được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp (bao gồm mức thuế suất ưu đãi, thời gian miễn thuế, giảm thuế) theo quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật trước đây về thuế thu nhập doanh nghiệp hoặc theo Giấy phép đầu tư hoặc Giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư đã cấp thì tiếp tục được hưởng các mức ưu đãi này cho thời gian còn lại. Trường hợp mức ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp bao gồm cả thuế suất ưu đãi và thời gian miễn thuế, giảm thuế thấp hơn mức ưu đãi theo quy định của Thông tư này thì được áp dụng ưu đãi thuế theo quy định của Thông tư này cho thời gian còn lại tính từ kỳ tính thuế năm 2009.

Việc xác định thời gian còn lại để được hưởng ưu đãi thuế được tính liên tục kể từ khi thực hiện quy định ưu đãi tại các văn bản quy phạm pháp luật trước đây về thuế thu nhập doanh nghiệp hoặc theo Giấy phép đầu tư hoặc Giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư đã cấp.

Khoảng thời gian ưu đãi còn lại bằng số năm doanh nghiệp còn được hưởng ưu đãi thuế (thuế suất ưu đãi, thời gian miễn thuế, giảm thuế) theo hướng dẫn tại Thông tư này trừ (-) đi số năm doanh nghiệp đã hưởng ưu đãi thuế (thuế suất ưu đãi, thời gian miễn thuế, giảm thuế) theo các văn bản quy phạm pháp luật trước đây về thuế thu nhập doanh nghiệp hoặc theo Giấy phép đầu tư hoặc Giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư đã cấp đến hết năm 2008. Việc xác định khoảng thời gian ưu đãi còn lại nêu trên phải đảm bảo nguyên tắc:

- Đến hết kỳ tính thuế năm 2008, doanh nghiệp đã hết thời gian được hưởng ưu đãi về thuế suất theo các văn bản quy phạm pháp luật trước đây về thuế thu nhập doanh nghiệp hoặc theo Giấy phép đầu tư hoặc Giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư đã cấp thì không được chuyển sang áp dụng ưu đãi về thuế (thuế suất ưu đãi, thời gian miễn thuế, giảm thuế) cho thời gian còn lại theo hướng dẫn tại Thông tư này.

- Đến hết kỳ tính thuế năm 2008, doanh nghiệp đang trong thời gian được hưởng ưu đãi thuế (thuế suất ưu đãi, thời gian miễn thuế, giảm thuế) theo các văn bản quy phạm pháp luật trước đây về thuế thu nhập doanh nghiệp hoặc theo Giấy phép đầu tư hoặc Giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư đã cấp thì tiếp tục hưởng số năm được áp dụng thuế suất và mức thuế suất ưu đãi, thời gian miễn thuế, giảm thuế cho thời gian còn lại theo hướng dẫn tại Thông tư này.

- Đến hết kỳ tính thuế năm 2008, doanh nghiệp đang được hưởng thuế suất ưu đãi, nhưng vừa hết thời gian được miễn thuế theo các văn bản quy phạm pháp luật trước đây về thuế thu nhập doanh nghiệp hoặc theo Giấy phép đầu tư hoặc Giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư đã cấp thì không hưởng thời gian miễn thuế mà chỉ hưởng toàn bộ số năm giảm thuế theo hướng dẫn tại Thông tư này, tiếp tục hưởng số năm áp dụng thuế suất và mức thuế suất ưu đãi cho thời gian còn lại theo hướng dẫn tại Thông tư này.

- Đến hết kỳ tính thuế năm 2008, doanh nghiệp đang được hưởng thuế suất ưu đãi, đang trong thời gian giảm thuế theo các văn bản quy phạm pháp luật trước đây về thuế thu nhập doanh nghiệp hoặc theo Giấy phép đầu tư hoặc Giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư đã cấp thì số năm giảm thuế còn lại bằng số năm giảm thuế theo hướng dẫn tại Thông tư này trừ (-) số năm doanh nghiệp đã giảm thuế đến hết kỳ tính thuế năm 2008, tiếp tục hưởng số năm áp dụng thuế suất và mức thuế suất ưu đãi cho thời gian còn lại theo hướng dẫn tại Thông tư này.

- Đến hết kỳ tính thuế năm 2008, doanh nghiệp đã hết thời gian miễn thuế, giảm thuế theo các văn bản quy phạm pháp luật trước đây về thuế thu nhập doanh nghiệp hoặc theo Giấy phép đầu tư hoặc Giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư đã cấp thì không thuộc diện hưởng ưu đãi thuế (thuế suất ưu đãi, thời gian miễn thuế, giảm thuế) theo hướng dẫn tại Thông tư này.

3. Doanh nghiệp thuộc diện hưởng thời gian miễn thuế, giảm thuế theo quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật trước đây về thuế thu nhập doanh nghiệp hoặc theo Giấy phép đầu tư hoặc Giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư đã cấp mà đến hết kỳ tính thuế năm 2008 nếu:

a) Chưa có doanh thu thì thời gian miễn thuế, giảm thuế được tính từ năm đầu tiên doanh nghiệp có thu nhập chịu thuế; trường hợp không có thu nhập chịu thuế trong 3 năm đầu kể từ năm đầu tiên có doanh thu thì thời gian miễn thuế, giảm thuế được tính từ năm thứ tư.

b) Đã có doanh thu nhưng chưa đủ 3 năm, kể từ khi có doanh thu thì thời gian miễn thuế, giảm thuế được tính từ năm đầu tiên có thu nhập chịu thuế; trường hợp không có thu nhập chịu thuế trong 3 năm đầu kể từ năm đầu tiên có doanh thu thì thời gian miễn thuế, giảm thuế được tính từ năm thứ tư, cụ thể như sau:

Doanh nghiệp có kỳ tính thuế đầu tiên từ năm 2007 trở đi và đã có doanh thu thì thời gian miễn giảm thuế được tính liên tục kể từ năm đầu tiên có thu nhập chịu thuế. Trường hợp đến hết năm 2009 mà chưa có thu nhập chịu thuế thì thời gian miễn giảm thuế được tính từ năm 2010.

c) Đã có doanh thu từ 3 năm trở lên thì thời gian miễn thuế, giảm thuế được tính từ năm tính thuế 2009, cụ thể như sau:

Doanh nghiệp có kỳ tính thuế đầu tiên trước năm 2007 đã có doanh thu nhưng chưa có thu nhập chịu thuế và chưa tính thời gian miễn giảm thuế thì thời gian miễn giảm thuế được tính từ kỳ tính thuế năm 2009.

4. Doanh nghiệp hoạt động trong các lĩnh vực khác nhưng có phát sinh thu nhập từ hoạt động trong lĩnh vực giáo dục - đào tạo, dạy nghề, y tế, văn hoá, thể thao và môi trường (sau đây gọi chung là lĩnh vực xã hội hoá) nếu đủ điều kiện thuộc Danh mục loại hình, tiêu chí quy mô, tiêu chuẩn về lĩnh vực xã hội hoá do Thủ tướng Chính phủ quy định thì áp dụng thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp 10% trong suốt thời gian hoạt động đối với phần thu nhập có được từ hoạt động trong lĩnh vực giáo dục - đào tạo, dạy nghề, y tế, văn hoá, thể thao và môi trường kể từ ngày 01/01/2009.

Doanh nghiệp có hoạt động trong lĩnh vực xã hội hoá trước ngày 01/01/2009 và đủ điều kiện thuộc Danh mục loại hình, tiêu chí quy mô, tiêu chuẩn về lĩnh vực xã hội do Thủ tướng Chính phủ quy định mà đang áp dụng mức thuế suất cao hơn mức 10% đối với phần thu nhập từ hoạt động xã hội hoá thì được chuyển sang áp dụng mức thuế suất 10% đối với phần thu nhập từ hoạt động xã hội hoá kể từ ngày 01/01/2009.

5. Doanh nghiệp đang hoạt động từ năm 2009 có dự án đầu tư xây dựng dây chuyền sản xuất mới, mở rộng quy mô, đổi mới công nghệ, cải thiện môi trường sinh thái, nâng cao năng lực sản xuất thì phần thu nhập từ dự án đầu tư này sẽ không được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp. Các dự án đầu tư trước năm 2009 đang được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp (theo diện ưu đãi đầu tư mở rộng) thì tiếp tục được hưởng ưu đãi cho thời gian còn lại và phần thu nhập tăng thêm của các dự án đầu tư mở rộng đang áp dụng thuế suất 28% được chuyển sang áp dụng thuế suất 25% .

Doanh nghiệp có dự án đầu tư mở rộng sản xuất đến ngày 31 tháng 12 năm 2008 đang đầu tư xây dựng dở dang và trong năm 2009 hoàn thành đi vào sản xuất, kinh doanh thì tiếp tục được hưởng thời gian miễn giảm thuế thu nhập doanh nghiệp đối với phần thu nhập tăng thêm từ dự án đầu tư mở rộng mang lại theo Thông tư số 134/2007/TT-BTC ngày 23/11/2007 của Bộ Tài chính; Phần thu nhập tăng thêm của dự án này áp dụng thuế suất 25% và thời gian miễn giảm thuế thu nhập doanh nghiệp đối với phần thu nhập tăng thêm tính từ năm 2009 dự án đi vào sản xuất, kinh doanh. Doanh nghiệp phải có thông báo với cơ quan thuế các dự án đầu tư mở rộng sản xuất đang đầu tư xây dựng dở dang khi nộp tờ khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp của kỳ tính thuế năm 2008.

Doanh nghiệp có dự án đầu tư mở rộng sản xuất đến ngày 31/12/2008 đang đầu tư xây dựng dở dang, trong năm 2009 dự án vẫn tiếp tục quá trình đầu tư xây dựng dở dang và từ năm 2010 trở đi mới hoàn thành đi vào sản xuất, kinh doanh thì doanh nghiệp không được ưu đãi thuế TNDN đối với phần thu nhập tăng thêm từ dự án đầu tư mở rộng mang lại.

6. Từ ngày 01/01/2009, hợp tác xã dịch vụ nông nghiệp có thu nhập từ hoạt động dịch vụ nông nghiệp và quỹ tín dụng nhân dân được áp dụng thuế suất 20% kể cả trường hợp hợp tác xã dịch vụ nông nghiệp và quỹ tín dụng nhân dân được thành lập trước ngày 01/01/2009 nhưng chưa được hưởng ưu đãi thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp hoặc đã hết thời gian hưởng ưu đãi thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp (không bao gồm trường hợp hợp tác xã dịch vụ nông nghiệp và quỹ tín dụng nhân dân đang được áp dụng thuế suất 10%).

7. Không áp dụng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp đối với thu nhập từ hoạt động khai thác khoáng sản của các doanh nghiệp được thành lập và cấp giấy phép đầu tư về hoạt động khai thác khoáng sản từ ngày 01/01/2009. Trường hợp doanh nghiệp khai thác khoáng sản hoạt động trước ngày 01/01/2009 đang hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật trước đây về thuế thu nhập doanh nghiệp hoặc theo Giấy phép đầu tư hoặc Giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư đã cấp thì tiếp tục được hưởng các mức ưu đãi này cho thời gian còn lại.

8. Doanh nghiệp có phát sinh thu nhập từ hoạt động xuất bản theo quy định của Luật Xuất bản được áp dụng thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp 10% trong suốt thời gian hoạt động kể từ kỳ tính thuế năm 2012. Doanh nghiệp đang hoạt động có áp dụng mức thuế suất cao hơn mức thuế suất 10% đối với phần thu nhập từ hoạt động xuất bản theo quy định của Luật Xuất bản thì được chuyển sang áp dụng mức thuế suất 10% đối với phần thu nhập từ hoạt động xuất bản kể từ kỳ tính thuế năm 2012.

9. Thông tư này thay thế Thông tư số 130/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008, Thông tư số 177/2009/TT-BTC ngày 10/9/2009, Thông tư số 40/2010/TT-BTC ngày 23/3/2010, Thông tư số 18/2011/TT-BTC ngày 10/2/2011 của Bộ Tài chính.

10. Bãi bỏ các nội dung hướng dẫn về thuế thu nhập doanh nghiệp do Bộ Tài chính và các ngành ban hành không phù hợp với hướng dẫn tại Thông tư này.

11. Việc giải quyết những tồn tại về thuế, quyết toán thuế, miễn thuế, giảm thuế và xử lý vi phạm pháp luật về thuế thu nhập doanh nghiệp trước kỳ tính thuế năm 2012 thực hiện theo các quy định tương ứng hướng dẫn về thuế thu nhập doanh nghiệp ban hành trước kỳ tính thuế năm 2012.

12. Trường hợp nước Cộng hoà Xã hội Chủ nghĩa Việt Nam có tham gia ký kết một Hiệp định hoặc Điều ước quốc tế mà Hiệp định hoặc Điều ước quốc tế đó có quy định về việc nộp thuế thu nhập doanh nghiệp khác với nội dung hướng dẫn tại Thông tư này thì thực hiện theo quy định của Điều ước quốc tế đó.